如果家中只有一个儿子但他和父亲不在一起住，

仅一个儿子且不与父亲同住，通常不能申请另一块宅基地。根据《土地管理法》，宅基地分配基于一户一宅原则，若家中只有一个儿子，不满足分户申请新宅基地条件。不及时处理可能导致违法占用土地，面临法律处罚。
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常见处理方式是先确认是否符合分户条件，再决定是否能申请宅基地。若儿子已经济独立且能自理，但不符合分户条件，则不能申请新宅基地；若符合条件且原宅基地无法满足需求，则可申请。
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一个儿子通常不能申请新宅基地。1.若儿子未成年或未经济独立，需与父亲同住，不能申请。2.若已成年且经济独立，但不满足分户条件（如家中无其他子女），也不能申请。3.唯一情况下，若满足分户且原宅基地无法满足生活需求，可按规定程序申请新宅基地。